La Presidencia es el órgano estratégico de Ciencia en Acción y ejerce el liderazgo y la representación del evento. Desde el 8 de febrero de 2023, la Presidencia de Ciencia en Acción la ostenta la Red Innpulso al asumir el evento como una actividad propia.

El Comité Científico está integrado por once miembros que tiene como objeto la deliberación, el establecimiento de criterios científicos y la toma de decisiones en el marco de la organización del Concurso Científico Anual de Ciencia en Acción, principalmente en aquellos aspectos que incidan en temas relacionados con los criterios en la selección y valoración de los trabajos presentados.